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新版TCGA突变maf数据下载整合及瀑布图绘制和TMB计算 – 王进的个人网站

我们经常会在SCI文章里面看到下面这样的图来,展示体细胞突变(somatic mutation)的数据。

这个图叫瀑布图,展示每一样本中的各种类型的突变,包括错义突变,移码突变,无义突变,插入缺失等等。要想画出这张图,首先我们必须要准本好数据。今天小编就来跟大家聊聊怎么从TCGA数据库下载体细胞突变(somatic mutation)数据。

1.打开TCGA网站,输入需要下载的肿瘤类型

https://pic1.zhimg.com/v2-bd86495635c42fda94345d8e4ad7d250_r.jpg

2.点击WXS后面的数字51

https://pic1.zhimg.com/v2-16dc8b29d8e6c28d27925d4c42e1d300_r.jpg

3.点击左上角File

https://pic3.zhimg.com/v2-ee1bce705e92785b9f710d19a965755a_r.jpg

4.选择WXS,Masked Somatic Mutation,maf,simple nucleotide variation,Aliquot Ensemble Somatic Variant Merging and masking,然后Add all files to cart

https://pic2.zhimg.com/v2-cf3643d65abdee53768f149ef0f3c209_r.jpg

5.这51个文件就加入右上角的购物车里面了

https://pic4.zhimg.com/v2-1c658e447c2c489bf04440815ce743db_r.jpg

6.下载Download下拉框里里面的Cart

https://pic1.zhimg.com/v2-28a39ab7aacd1a2eeebcfef35eb7ee9c_r.jpg

得到gdc_downloa_****.tar.gz.文件

7. 解压该文件

8. 合并所有数据

setwd("G:\\test\\gdc_download_20221025_103238.659115")files

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